Grundsätzlich muss bei einer Zahnverfärbung unterschieden werden zwischen intrinsischen und extrinsischen Verfärbungen, also zwischen einer Zahnverfärbung aufgrund von Ablagerungen auf der Zahnoberfläche oder solchen, die durch Einlagerungen in Zahnschmelz oder Zahnbein entstehen. Diese sind oft medikamentös bedingt, können aber auch ererbt sein.

Eine äußere, also extrinsische Zahnverfärbung wird durch Plaque und Zahnstein hervorgerufen, die sich beim Genuss von färbenden Nahrungs- und Genussmitteln verfärben. Bei unzureichender Mundhygiene können diese Verfärbungen tiefer in den Zahnschmelz eindringen und die Zahnfarbe dauerhaft nachdunkeln lassen. Zu den Klassikern zählen dabei Kaffee und schwarzer Tee, aber auch Rotwein und Fruchtsäfte, auch Raucher sind oft an ihren gelblichen Zähnen zu erkennen, die durch den Tabakrauch eingefärbt werden. Ist eine Zahnverfärbung extrinsisch, lässt sie sich meist durch eine intensive Zahnreinigung beim Zahnarzt entfernen, diese ist generell für die Zahngesundheit zu empfehlen, da hierbei auch Zahnstein entfernt und so der Entstehung von Karies und Parodontose vorgebeugt wird.

Anders sieht die Sache bei einer intrinsischen Zahnverfärbung aus, die oftmals medikamentöse Ursachen haben. So ist schon lange bekannt, dass die Einnahme von Antibiotika wie Tetrazykline in der Schwangerschaft auch zu einer dauerhaften Zahnverfärbung beim Neugeborenen führen kann. Die Zähne der Kinder weisen dann oft graue Flecken auf, während weiße Flecken ein Hinweis auf eine Fluorose sein können, genauer auf eine Dentalfluorose, also eine zu hohe Konzentration von Fluor im menschlichen Körper. Bei der seltenen Grünfärbung von Milchzähnen sollten die Eltern prüfen lassen, ob der Gallengang des Kindes vital ist, da die Zahnverfärbung ein Hinweis auf einen Bilirubin-Überschuss sein kann, der sich im Zahnbein ablagert und aufgrund eines angeborenen Gallengangverschlusses entstanden ist.

Auch bestimmte sulfidbildende Bakterien sind in der Lage, eine Zahnverfärbung auszulösen, ebenso Verletzungen am Zahnhals, die zu einem Absterben des Zahnmarks führen oder mit Einblutungen einhergehen.